La población de algunos barrios de Bilbao (Zurbarambarri, Recaldeberri, Erandio, Ensanche de Begoña, Zorroza y Deusto) iba en aumento, y era necesaria la construcción de centros escolares de enseñanza media. En 1966, el arquitecto Alberto Líbano Pérez- Ullibarri realiza la redacción del Proyecto. La Caja de Ahorros Vizcaína, en colaboración con el Ministerio de Educación y Ciencia, le realizan el encargo para la construcción de un edificio con destino a Dos Secciones Filiales de Enseñanza Media.

Los terrenos para esta construcción, son propiedad de la Caja de Ahorros Vizcaína, y tienen una superficie de 10.119,35 m2. El proyecto consta de dos edificios, destinados uno a alumnas y el otro a alumnos, con capacidad escolar de cada uno de los edificios para 560 alumnos.

Con motivo de las inundaciones de agosto de 1983 los edificios del ya Colegio Nacional Zurbaran sufren grandes daños. El que era por entonces Alcalde-Presidente de Bilbao, José Luis Robles, adjudica el 14 de octubre 1983 las obras de reparación de los daños a Dimas S.A.. Los patios estaban llenos del barro y piedras que habían sido arrastrados por la ladera del monte, teniendo además que apuntalar muros descalzos en los cimientos, reparar y reponer cierres… Las obras no finalizaron hasta 1987.

En la actualidad, el Colegio ha sufrido grandes cambios adaptándose a los nuevos tiempos y creando nuevos espacios acorde con las nuevas necesidades: comedores, bibliotecas, nuevas aulas, polideportivo… Además, consta de una parte dedica a educación primaria, CEP Zurbaran (edificio del parvulario de Panera, primer pabellón del antiguo complejo, polideportivo y edificio multiusos) y de otra dedicada a educación secundaria, CES Zurbaran-Ellacuria (segundo pabellón del antiguo complejo y nuevo edificio en el antiguo campo de baloncesto).